Comparaison de la diversité des récepteurs des lymphocytes T entre personnes atteintes d'EM et personnes témoins

Auteurs : Joshua J Dibble, Ben Ferneyhough, Matthew Roddis, Sam Millington, Michael D Fischer, Nick J Parkinson, Chris P Ponting

Affiliation : Angleterre
(University of Edinburgh, Systems Biology Laboratory - Oxfordshire)

Objet de l'étude :

Tester l'hypothèse que l'EM est une maladie résultant d'une activation anormale des lymphocytes T.

Pour cela : séquençage des loci génomiques des récepteurs des lymphocytes T a/d, b et g dans le sang, puis exploration des données via MultiDimensional Scaling et Potential Support Vector Machine.

Données :

40 échantillons de cellules mononucléaires de sang périphérique humain (provenant de CureME biobank, donneuses âgées de 40 à 60 ans) pour chacun des groupes suivant :

• personnes gravement atteintes d'EM/SFC (house- or bed-bound) (MEsa)
• personnes légèrement ou modérément atteintes d'EM/SFC (MEmm)
• personnes diagnostiquées avec la sclérose en plaques (SEP)
  groupe contrôle maladie
• témoins sains (HC)
  groupe contrôle sain

Résultats :

Cette approche n'a pas permis de répartir les échantillons dans les quatre sous-groupes, au-delà de ce qui était attendu par le seul hasard.

En effet, malgré un nombre relativement important d'échantillons de personnes atteintes d'EM/SFC (n=80), de témoins sains (n=40) et de témoins SEP (n=40), ainsi qu'un grand nombre de recombinants () dans chaque échantillon, aucune différence statistiquement significative entre les groupes n'a été détectée (différences en terme de diversités de clonotypes des récepteurs des lymphocyte T).

Conclusion :

Ces résultats ne confirment pas l'hypothèse selon laquelle la diversité de récepteurs des lymphocytes T serait fréquemment altérée chez les personnes atteintes d'EM/SFC.

4 explications possibles à cela :

• Étant donné la diversité des déclencheurs et des symptômes de l'EM, il est possible que les groupes EM soient trop hétérogènes pour obtenir une puissance statistique suffisante.
• Une étude limitée aux individus avec des allèles HLA particuliers pourrait avoir un plus grand pouvoir prédictif, car les allèles à risque HLA sont connus pour moduler le risque d'auto-immunité en augmentant la fréquence des TCR autoréactifs.

• Ces résultats négatifs pourraient refléter un manque de puissance statistique pour identifier les vraies différences. Pour étudier cela (au prix d'un coût expérimental élevé), le nombre de recombinants pourrait être augmenté de plusieurs ordres de grandeur, et l'appariement des chaînes TCR (par exemple α-β) pourrait être observée en single-cell.

• Les résultats de cette étude pourraient également refléter une absence de différences de diversité clonotypique entre les groupes.
  Si tel est le cas, alors les séquences de clonotypes de TCR elles-mêmes, plutôt que leur diversité, pourraient être prédictives de l'état de la maladie, ou bien les différences de répertoire de TCR ne se manifestent pas dans le sang, mais dans d'autres tissus plus pertinents pour la maladie comme dans la SEP.
  Ces résultats négatifs pourraient aussi refléter des mécanismes causaux de l'EM/SFC qui n'entraînent pas de modification du répertoire des lymphocytes T.