Un profil d'expression d'ARN circulaire caractéristique des patients atteints d'EM/SFC

Titre original : A Unique Circular RNA Expression Pattern in the Peripheral Blood of Myalgic Encephalomyelitis/Chronic Fatigue Syndrome Patients

doi.org/10.1016/j.gene.2023.147568
Date d'acceptation : 12 June 2023
Journal : Gene (by Elsevier, 19% acceptance rate)

Author: Yuning Cheng, Si-Mei Xu, Konii Takenaka, Grace Lindner, Ashton Curry-Hyde, Michael Janitz

Affiliation: Australia (University of New South Wales, Sydney), Germany (University of Leipzig)

Contexte de l'étude:

Objet:

Identification des profils d'expression d'ARN circulaires dans le sang périphérique de patients soumis à une épreuve d'effort cardiopulmonaire.

Données:

  • Cohorte: 13 patientes EM/SFC vs 11 témoins
  • Condition: avant et après deux épreuves d'effort cardiopulmonaire
  • Nature du prélévement: 4 échantillons de sang sur 7 jours
    • condition "avant exercice" (J1 et J2) : 2h avant l'épreuve d'effort
      (2 épreuves ont été effectuées à 24 heures d'intervalle pour une évaluation du malaise post-effort)
    • condition "après exercice" (J3 et J7) : pendant la visite de suivi

Motivation:

Des études récentes présentent des ARN circulaires (circRNA) comme potentiels biomarqueurs pour des maladies neurologiques (Parkinson et Alzheimer). Pour l'EM/SFC, aucune étude n'avait jusqu'à présent réalisé un profil de circRNA. En effet, les nombreuses recherches effectuées sur les transcriptomes des patients atteints d'EM/SFC portent sur les ARN linéaires.

Résultats

Expression des ARN circulaires :

  • Nombre de circRNAs exprimés : circRNAs globalement davantage exprimés chez les patientes EM/SFC que chez les témoins, quelque soit le moment du prélévement (attention : vérifier méthodo et stat)

  • Différentiel d'expression des circRNAs :

    • À p-value ajustée < 0,05 : aucun gène n'est différentiellement exprimé.
    • À p-value absolue < 0,01 (attention, moins stringente que la p-value ajustée de 5%) : 32 DE genes à partir de J2 (interprété comme un impact de l'exercice) dont 30 up-regulated, 2 down-regulated.
    • Sur l'ensemble des 4 points de temps de prélèvement, 14 circRNAs ont été exprimés uniquement chez les patientes EM/SFC (attention : probable faiblesse statistique, à vérifier)

Discussion

Il semblerait que l'exercice altère le niveau d'expression de plusieurs circRNA, dont certains impliqués dans le métabolisme énergétique, la réponse au stress oxydatif et l'inflammation, ce qui va dans le sens d'observations sur les ARN linéaires. Attention à la probable faible significativité statistique des résultats présentés. Ces résultats sur les ARN circulaires ne sont qu'un premier pas exploratoire et nécessitent d'être confortés par d'autres études'.

Observations parallèles

  • Plus faible consommation d'oxygène chez les patientes que chez les témoins.
  • Pas de différence de charge virale entre patientes et témoins après l'exercice (augmentation dans les deux populations).